U zatvorima je oko 40 posto zatvorenika više od mjesta, a prenatrpanosti pridonose i osuđeni na tzv. supletorni zatvor. Riječ je o zatvorenicima koji iza rešetaka završe zbog neplaćanja novčane kazne. Prema podacima Uprave za zatvorski sustav, 2006. je u zatvorima bilo 3087 supletorno kažnjenih u prekršajnom i kaznenom postupku. Od toga je u prekršajnom postupku izrečeno 2557 supletornih kazni, najčešće zbog prometnih prekršaja, te zbog narušavanja javnog reda i mira, te 530 u kaznenom postupku, uglavnom zbog imovinskih kaznenih djela. U ukupnom godišnjem broju zatvorenika, a on je trenutačno viši od 4000, udjel supletorno kažnjenih zatvorenika je oko dva posto, što znatno utječe na prenapučenost zatvora.

Supletorno kažnjenih u prekršajnom i kaznenom, u zatvorima je približno istih oko jedan posto. No, supletorno kažnjeni u prekršajnom postupku zbog nižih kazni, kraće se zadržavaju u zatvoru, dok kažnjeni u kaznenom postupku prebivaju dulje zbog viših izrečenih kazni. Trenutačno, u zatvorima je 76 supletorno kažnjenih zatvorenika. U Upravi navode da je u nekim zatvorima - u Varaždinu, Zagrebu, Splitu, Sisku, Rijeci, Karlovcu, Požegi, Bjelovaru, broj supletorno kažnjenih zatvorenika, viši od prosjeka za cijeli zatvorski sustav. Primjerice, varaždinski zatvor je najnapučeniji, jer je njegova popunjenost dramatičnih gotovo 200 posto.

Rasterećenje u slučajevima osuđenih za prekršaje i lakša kaznena djela, moguće postići i izricanjem alternativnih sankcija (uvjetna osuda sa zaštitnim nadzorom i rad za opće dobro), koje nisu dovoljno afirmirane.
Izmjenama Kaznenog zakona (KZ) moguće je novčanu kaznu naplatiti i prisilno putem Porezne uprave.

Akose novčani dug ne može naplatiti ovrhom, KZ određuje da će je sud zamijeniti radom za opće dobro na slobodi. Iako izricanje mjere rada za opće dobro nije široko rasprostranjeno, ipak bilježi uzlazni trend.Tako je u razdoblju od 2002. do 2005. zaprimljeno 232 zahtjeva za zamjenu kazne zatvora radom za opće dobro, a u 2006. Uprava je zaprimila čak 243 tih zahtjeva. Od tog broja, 45 kazni zatvora zamijenjeno je radom za opće dobro, a na izvršenje te kazne krajem prošle godine čekalo je 160 prijestupnika.